基于内质网应激相关基因构建胰腺癌预后预测模型
Establishment of a prognostic prediction model for pancreatic cancer based on endoplasmic reticulum stress-related genes
目的 阐明内质网应激基因在胰腺癌预后中的作用,寻找胰腺癌的预后标志物并构建预后预测模型.方法 从TCGA和GTEx数据库下载转录组测序数据,通过MsigDB网站获取内质网应激基因,通过单因素Cox回归分析,获取预后相关基因,利用共识聚类分析方法构建胰腺癌分子分型,获取两亚群间的差异表达基因,通过Lasso回归分析,获得胰腺癌预后相关的核心基因,用于构建胰腺癌的预后预测模型,通过GEO数据库获取数据集对模型的预测性能进行验证.利用CIBERSORT分析风险评分与免疫浸润的相关性.实时荧光定量PCR检测基因在胰腺癌组织和细胞系中的表达情况.计量资料两组间比较采用成组t检验.计数资料两组间比较采用χ2检验.利用Log-rank检验进行生存期的比较.通过评估ROC曲线下的面积以评价模型的预测价值.结果 内质网应激基因CEBPB、MARCKS、PMAIP1、UBXN10是胰腺癌预后的独立危险因素,基于它们的表达特征能够将TCGA胰腺癌队列分为两个亚群,簇A和簇B,簇A患者的总体生存期比簇B更短(χ2=12.232,P=0.01).利用Lasso回归从簇A和簇B间差异表达的影响胰腺癌预后的基因中筛选出5个核心基因,获得的风险评分为:0.156×CDA+0.135×AHNAK2+0.020×RHOV+0.095×LY6D+0.054×SPRR1B,ROC曲线反映该模型的总体预测性能良好,1、3、5年的ROC曲线下面积分别为0.731、0.712、0.686,并且依据此模型划分的低风险组的总体生存期要长于高风险组(χ2=11.733,P=0.001).该模型在外部数据集GSE57495中展现出了良好的预测性能.实时荧光定量PCR结果表明,与癌旁正常组织相比,CDA、AHNAK2、RHOV、LY6D、SPRR1B在40对胰腺癌组织中显著上调(t值分别为2.529、2.458、3.314、3.583、5.082,P值均<0.05).结论 根据CDA、AHNAK2、RHOV、LY6D、SPRR1B的表达特征可以预测胰腺癌预后,该组基因的整体高表达与胰腺癌患者的不良预后相关.
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